Прошло 15 лет после загадочной глобальной катастрофы, поставившей человечество на грань выживания. Но оставшихся в живых впереди ждут еще более страшные испытания. Землю атакуют Ангелы — загадочные гигантские существа, противостоять которым могут лишь роботы серии «Евангелион», созданные при помощи передовых биотехнологий. Управлять роботами могут лишь 14-летние Синдзи, Аска и Рэй — пилоты, у которых складываются крайне непростые отношения.